Лаборатория была открыта в 1962 году на базе патогистолаборатории. Находилась в здании патологической лаборатории Целиноградского Государственного медицинского института. У истоков гистологии и цитологии стояли врачи ветераны здравоохранения Пустовойченко В.М., Саенко В.Н., Сиволапова В.М.

В 1985 году была организованна Централизованная цитологическая лаборатория (ЦЦЛ), входившая в состав клинико-цитологической лаборатории, а в 1990 году ЦЦЛ отделилась в самостоятельное подразделение. Отделением заведовали: Щербина С.И. (1990-2002гг), Пикалова Н.К. (2002-2008гг), Койшикулова М.Н. (2008-2009гг),  Абенова М.А (2010-2014), Байсакова Г.Е. (2014-2015).

Централизованная цитологическая лаборатория  является структурным подразделением онкологического центра г.Астаны. С 2016  года и по настоящее время лабораторией руководит – Тохпанова Нуржамал Ануарбековна, врач-патологоанатом высшей категории, клинический цитопатолог, вице-президент Ассоциации клинических цитологов РК.

Врачи-цитологи отделения: Байсакова Гульмира Елюбаевна, Тажибаева Гайни Абдикадыровна.

ЦЦЛ оснащена высокотехнологичным оборудованием BDSurePath (США), Cellscan 100 A (Южная Корея), позволяющим активно применять современные методики жидкостной цитологии. Также стало возможным выполнение ПАП-теста  – мирового стандарта в проведении скрининга рака шейки матки.

Основные направления деятельности лаборатории:

• Профилактические (скрининг  по ранней диагностике рака шейки матки)  включает цитологические исследования мазков  из 13 городских поликлиник и 12 семейно-врачебных амбулаторий г.Астана. 
• Диагностические цитологические исследования выполняются в течении 2-3 дней с момента поступления препаратов в лабораторию. Лаборатория проводит экспресс-исследование материалов, с помощью которого клиницистами решаются вопросы тактики лечения как в день поступления пациентов в клинику, так  и во время операции.

Виды проводимых исследовании:

1. Проводит цитологический скрининг мазков с шейки матки и цервикального канала у женщин по раннему выявлению рака и предраковых изменений шейки матки.

2. Выполняет диагностические исследования материала из поликлиники и стационара:

• пунктаты различных органов (молочной, щитовидной, слюнной, предстательной желез, мягких тканей, лимфоузлов и др.);
• эскфолиативная цитология (мазки-отпечатки с кожи, раневых поверхностей, гинекологических мазков с шейки матки, цервикального канала, аспираты из полости матки и др.);
• цитологическое исследование жидкостей из серозных полостей (плевральной, асцитической, перикардиальной, синовиальной);
• интраоперационная срочная диагностика;
• исследование эндоскопического материала, взятого при бронхо-, ларинго-, гастро-, колоноскопии).

Лаборатория так же проводит консультативный осмотр цитологических препаратов поступающих из лечебных учреждений г.Астаны и  других регионов Казахстана.

Врачи-цитологи прошли обучение в крупных научных онкологических центрах Казахстана, России, Беларуссии, Южной Кореи.

На базе ЦЦЛ проходят подготовку врачи-лаборанты и лаборанты по цитологической диагностике. Исследования цитологического материала осуществляется согласно нормативным документам. 

Врачи лаборатории являются членами Ассоциации клинических цитологов РК и принимают участие в съездах и конференциях.

Цитологическая лаборатория поддерживает организационную и информационную связь с научными центрами Казахстана и России.